Um dos objetivos do Projeto Caatinga é montar um Banco de Sementes de árvores do Bioma Caatinga, e a meta é atingir 15 espécies até 2019.
O trabalho de formação do Banco de Sementes se inicia com excursões de monitoramento da frutificação das árvores em regiões próximas a Mossoró/RN, que é o município sede do Projeto Caatinga. Nessas excursões são identificadas árvores com boas características, que são identificadas e georreferenciadas as quais são acompanhadas quanto ao florescimento e frutificação.
Quando alguma das espécies está com frutos maduros, são montadas excursões de coleta com participação intensa de bolsistas e voluntários do projeto, em eventos denominados Mutirões de Coleta de Frutos e Sementes. Nessas excursões são coletados frutos de 15 a 30 árvores matrizes.
Os frutos coletados são levados à UFERSA em Mossoró, no Centro de Pesquisas Vegetais do Semiárido (CPVSA), onde eles são processados, e as sementes são selecionadas. Nessas atividades são obtidas desde algumas centenas de sementes até algumas dezenas de milhares, dependendo da espécie. Se forem observadas sementes danificadas por insetos ou microrganismos, essas são descartadas. Amostras dos microrganismos e dos insetos são levados para identificação.
Na próxima etapa, amostras de sementes de cada árvore matriz são testadas para avaliar a capacidade de germinação e o teor de umidade. Apenas lotes de sementes com alta germinação são armazenados.
A seguir, as sementes são expurgadas com inseticida, para eliminar insetos ou larvas. Essa parte é muito importante, pois se ficarem insetos no lote de sementes, eles podem rapidamente destruir todas.
Finalmente, cada lote é armazenado em garrafas ou latas, devidamente rotuladas, em câmara fria, em temperatura entre 5 e 15 °C.
Atualmente, o Banco de Sementes do Projeto Caatinga conta com sementes de vinte e duas espécies: Angico, Aroeira, Catanduva, Cumaru, Ingá, Ipê-Roxo, Jurema-Branca, Jurema-de-Embira, Jurema-Preta, Juazeiro, Jucá, Mofumbo, Mororó, Mutamba, Pacotê, Pajeú, Pau-Branco, Pau-Mocó, Pereiro, Sabiá, Timbaúba e Trapiá.